Việc kiểm soát vi sinh trong an toàn thực phẩm được thực hiện theo quy định của Nhà Nước về các quy chuẩn kỹ thuật trong kiểm tra an toàn vệ sinh thực phẩm. Các quy chuẩn này được xây dựng dựa theo tiêu chuẩn ISO hoặc AOAC tuỳ theo đặc tính nền mẫu và phương pháp sử dụng.

Phần lớn các công ty thực phẩm sản xuất trong nước và xuất khẩu đều phải tuân thủ quy chuẩn kỹ thuật này. Ngoài ra, tuỳ thuộc vào thị trường xuất khẩu mà việc kiểm soát vi sinh sẽ tuân thủ theo quy định của nước xuất khẩu.

• Các chỉ tiêu kiểm soát vi sinh trong thực phẩm chung sẽ bao gồm:

+ Định tính các vi sinh vật gây bệnh: Salmonella, Listeria, E.coli O157, Nội độc tố Staph enterotoxin,…

+ Định lượng các chỉ tiêu vi sinh: Tổng vi sinh vật hiếu khí, E.coli, foliforms,…

Ngoài ra, từng loại nền mẫu và quy chuẩn đặc biệt sẽ cần các chỉ tiêu cụ thể như:

+ Sàng lọc GMO

+ Định danh loài

+ Đinh danh vi sinh vật lây nhiễm

• Quy trình kiểm soát chung: